末，李定国为代表西军，曾拥护亡皇帝永历帝昆为据为抗击清军。

    清朝期

    主词条：云南回民起义、九起义

    清顺治六1659吴桂攻云南，永历帝及其随员逃缅甸。康熙元1662，永历帝朱由榔及其被吴桂从缅甸逮回，绞死昆蝉寺，朝最一代朝覆灭。清康熙间，吴桂叛被粉碎。

    清朝沿袭朝制度，云南设承宣布政使司。滇南元江府、普洱府等，代朝势力尚未。清兵滇，元江府嵩抗清失败，顺治七1732改设官。雍正1724威远改归，雍正九1731设置普洱府。雍正1732设置朗通判。[14]

    雍正间鄂尔泰推“改归”，疆区仍保留司制度。清代前期云南区实施府州升降、卫所裁并和改归等政、疆域调整，云贵区系统建立起央政理和社控制系，并为外来移民全面和发创造了条，云南社历史产影响。[21]

    雍正期云南布政司领府23、隶1、州31、府、州各1，主统治区域政设置基沿袭前，司、官建制数目代显减。[22]康熙六1667嘉庆1819间，云南区有16府级政单位发建置变动，调整面达雍正朝全省府级数667％。[23]雍正、1726、1727，原隶川东川、乌蒙和镇雄府经改归划云南，基奠定了现代滇东北政区划格局。[24]嘉庆间云南共领府14、隶州4、隶厅4。

    乾隆朝云南农业发[25]，保证了云南社稳定经济发展，促了云南稳步增。[26]清朝期量移民滇，康熙朝始云南实“放收铜”政策[27]，带动了通业、商业等关产业发展。使汉化云南得广泛和传播，云南政治、经济、化等方面原结成一整。[16]

    鸦片战争，法国迫清政府签订《法订越南条约》，将云南划为法国势力范围，蒙、蛮耗、河等被划为商埠，从领主权、矿产发经济贸易等各方面云南境侵略。[28]法、英国云南侵豪掠，使得云南境告急。

    咸、间，云南发回民杜秀起义，滇西、滇、滇南均有战。清朝末，云南省为300余万，岁约需600余万，每除由库拨款及各省协济160余万元，尚敷100余万。

    1910，滇越铁路全线通车，改善了云南外通运输条，推动了云南经济尤其矿业发展。锡成为云南外贸易支产品，锡业代替铜业成为云南矿业脉，促云南煤业发展。矿业从滇东北区转移滇越铁路沿线区，形成滇越铁路沿线矿业带，滇越铁路沿线矿业带也成为近代云南矿业最发达区。通过滇越铁路，法国滇越铁路公司获取了额利[29][30]。[31][32]

    宣统19111030，发动了昆起义九起义，组建云南汉军政府，27、及111先爆发了腾越、滇南起义，次起义都取得了胜利，全省迅速光复。

    民国期

    主词条：护国运动、国远征军、滇军

    民国创立，省为政，协饷停止，民国初期及蔡锷军都督期，采取了一系列有效措施，源节，整顿财政。[28]民国1915225，蔡锷、唐继尧等领导发动了护国运动。民国七1928，废设省。民国政府云南司采取怀柔政策，并未制改归。[33]

    民国八1929，蒋介石龙云为云南省政府主席等，龙云为首云南方实力派统治云南确立。