这些礼遇和厚待，除了个人之间的感情和信赖之外，也与清初宽容的宗教政策不无关系。满族信奉萨满教，但入关以后，对汉人的佛、道、儒三教并不排斥，允许其与萨满教并存。历史学家陈垣先生说，清初顺治、康熙对天主教并不认可。顺治帝看过天主教书籍后大不以为然，认为荒唐悠谬之说，无逾此书。康熙也说过此类的话，但这并未妨碍他们对天主教采取宽容的态度。

    由于受到清皇室的礼遇，汤若望在清初的地位一直受到重视，他的意见甚至对皇帝本人也有影响。杨光先在文章和奏疏中多次说到“邪教之力如此重哉”，以至于“举世学人，不敢一加纠正”，“事关万古纲常，愤无一人请讨”，他要“不惜齑粉”“忿不顾身”云云。这些话虽有夸大成分，但也并非凭空所指，从中亦可见汤若望的影响之大。

    顺治十六年（1659年）的两次参劾虽然失败了，但杨光生并未罢手，一边四处活动，积极准备，一边等待时机。这期间，他又一口气写了多篇排教文章。从收入《不得已》的文章篇目看，有《与许青屿侍御书》《选择议》和《孽镜》等。这些文章与他前期写的文章一脉相承。在《与许青屿侍御书》中，他对《天学传概》一书全面批判，声罪致讨。《传概》是一本宣扬天主教教义的书，由传教士利类思和安文思所著，后经李祖白润色，并以他的名义印行出版。李祖白，字然真，系天主教徒，教名约翰，官至钦天监监副(一说为钦天监夏官正)，是当时公认的中国最有才华的天算学家。书中提出天主上帝，开辟乾坤，天下万国尽是德亚国（古犹太国）之子孙，这引起杨光先极大愤慨。他认为，如果耶稣为天主，那么在他出生之前，即中国汉哀帝以前则为无天之世界吗？而我中华祖先尧、舜又被置于何地？我大清之天下来自于三皇五帝之正统，如今竟成了“邪教之苗裔”？这不是“谋叛本国，明从他国”吗？至于皈依西教，不得供奉祖宗牌位，更是非圣之文，毁我周孔礼教。“如此妖书，罪在不赦。”杨光先对此非常气愤，文中多次出现“祖白之胆何大也”“祖白之头可斩也”之类的激愤之词。

    《传概》刊行时，书前有一篇许青屿做的序言，对天主教大加赞赏。许青屿是顺治朝进士，官至御史，为清初名臣。由于许青屿名气很大，“此序出未二月，业已传遍长安”。杨光先对此极为不满。他在文中公开向许叫板，指责他身为圣门贤达，天子谏臣，居然对于这样的妖书，不发竖眦裂，掷书于地，反倒为之作序，这是不尊孔孟，得罪名教，必遭后世唾骂，而先生之名也将累于一序。后来，康熙四年（1665年）排教案发生时，许青屿因此序受到牵连，不过有后世学者考证，《传概》之序系伪作，并非出自许青屿手笔。这已是另外的话题。

    《与许青屿侍御书》系杨光先这期间所写的一篇重头文章，而同一时期所写的《孽镜》和《选择议》也值得一提。《孽镜》主要火力集中在攻击西洋新法上。比如，他嘲笑新法把大地说成一圆球，上下四方布列国土，虚悬于太空之内。照此说法，地球上边的人和地球下边的人岂不要脚对脚了吗？这样的荒唐之说竟然也能骗人，因此他要像高悬照妖镜那样，以照出“新法之妄”。不过，从今天看来，由于对近代科学缺乏了解，加之思想上的对抗，此文东拼西凑，词不达意，多处暴露了杨光先的无知和可笑。