由于汉官不给力，杨光先颇感失望，但他很快就与回回科官员建立了盟友关系。据清人彭孙贻《客舍偶闻》云，杨光先与吴明炫为同郡人，两人相善。明炫自谓知历，每次交谈，历数汤若望新法之误，杨光先闻之大喜。他正愁找不到懂历法的人为他提供炮弹，现在有了吴明炫这个“知历”之人，自然是求之不得。

    吴明炫，又名吴明烜，后者因避康熙名讳而改。有史料把明炫、明烜误认为兄弟二人，实则不确。吴明炫曾任回回科秋官正，康熙历案发生后，他一度重回钦天监任监副。可以肯定的是，在康熙历案中，他是一个举足轻重之人。有人甚至推测，杨光先一系列反对西洋历法的文章，在策划、撰写和润色上可能都与他有过商量，并得到过他的帮助。这种可能并不排除。

    在吴明炫的支持下，经过一番精心准备，杨光先终于再次出手，向西教发起了新一轮的攻势。一场惊天大狱从天而降，不仅震惊了全国，而且震惊了整个西方基督教世界。由于此案因历法而起，又被称作康熙历案。

    康熙历案，起于康熙三年（1664年）七月，至康熙四年（1665年）三月结案，前后八个月。与以往不同的是，该案一是立案快，二是审判规格高，三是处罚严厉。

    康熙三年（1664年）七月二十六日，杨光先具疏题参，状告汤若望等人图谋不轨，传妖书以惑天下，请依律正法。状告当天，堂司官便收下状子。八月初五日，密旨下部，谕礼部、吏部会审。次日，汤若望等传教士便到案受审。从立案过程看，前后不到十天，可见立案之速。

    从审判过程看，此案先是礼部、吏部会审，之后刑部再审，再之后三法司复审，最后由亲王、辅政大臣、大学士、六部九卿和八旗都统等组成的御前会议进行终审。审判的程序十分繁复而漫长，而且经历了诉讼上的一切例行手续，并由最高的御前会议裁定。其规格之高，称得上是所谓的“一等大狱”。

    从判决结果看，汤若望和七名钦天监官员处凌迟，五人斩首。与此同时，天主教被宣布非法，在京传教士一律充军，各省传教士则押送广州，驱除出境。这个判决可以说极其严厉，对西教堪称是一次毁灭性的打击。