徐锡麟说：“大帅勿惊，有革命党！职道为大帅拿下！”

    恩铭喝道：“什么人？”

    徐锡麟并不回答，弯腰从靴筒内拔出手枪两把，一手握了一把，然后正色道：“正是职道也！”

    恩铭惊骇不已，语不达意道：“会办拿枪干什么？难道要呈验吗？”

    话音未落，枪声已经响起。徐锡麟扣动扳机，连连朝恩铭射去，据马宗汉回忆，恩铭到达后，“徐锡麟叫我同陈伯平到东边房内，恩抚台到堂上来，我合（和）陈伯平站在房门外，闻有枪声，知是锡麟开放，陈伯平拖我衣，令跟他一同出来，陈伯平也把枪开放”。

    枪声一响，现场大乱。礼堂内的官员首先炸了营，四处狂奔。此时，恩铭已经中弹倒地，幸得身边的文武巡捕上前施救。恩铭手下文武巡捕均为亲信。文巡捕名叫陆养颐，武巡捕名叫车德文。他们背起受伤的恩铭向外退去。

    据陶成章记述，徐锡麟本意是先杀死恩铭，再射其左右，不料他眼睛高度近视，开枪之后不知是否打中，便向恩铭乱放。陈伯平和马宗汉这时也冲上来，举枪急射。不少官员中弹倒下，血花迸溅，一片鬼哭狼嚎。文巡捕陆养颐用身体护住恩铭，身中多枪，武巡捕车德文也多处受伤。如果不是徐锡麟子弹打尽，恩铭很难逃脱。乘着徐锡麟子弹打完，回屋内装弹时，恩铭被部属背出礼堂。不过，在他逃出礼堂时，陈伯平又追上来放了一枪。这一枪打中了恩铭的尾闾，并上穿心际，造成致命伤害。

    关于恩铭逃走有两种说法：一说是车德文带伤唤来大轿头王某，将恩铭背走；另一说法是藩司冯煦命戈什将恩铭负出。不论哪种说法准确，总之恩铭逃离现场时十分狼狈。左右仓促之间将他塞入轿内，来不及将他放好，轿夫们便抬起轿子开跑。据目击者称，恩铭“两足拖于轿外”，一路逃奔，被抬回抚署。

    恩铭逃走后，各级官员也四处奔逃，作鸟兽散。有的向前门奔去，有的由后院翻墙而遁。在混乱中，收支委员顾松也被打死。

    由于枪击发生在礼堂内，礼堂外的学生们一开始并不明白发生了什么，只听枪声四起，各官吏四散逃奔，后又听说有刺客，并不知道是徐锡麟所为。及至看到徐锡麟等人从礼堂里追杀出来，误以为是在抓刺客。等到恩铭等人逃走之后，茫然无措的学生们才从混乱中回过神来。徐锡麟一边下令集合，一边拔刀大呼道：“抚台被刺，我们去捉奸细，快随我革命！”